ترك (عليه السلام)، ثروة فكرية هائلة، فكان منجماً للثروة العلمية، ليصبح رائداً مهماً من رواد الحركة العلمية، ومنجماً من المناجم التي ساهمت في بلورة نهضة فكرية عربية اسلامية.
حكمة خالدة ومآثر فاعلة، منجم استنهض الوعي، فاترع القلب ايمانا، ومكنت النفس عفة، وصقلت الروح جلالا وصفاء... مثّل السلوك الروحي للدين، وهو الذي شاهد بعينيه رزايا كربلاء، وجرت امامه عملية القتل الجماعي بوحشية، ومثلوا بجثمان الامام الحسين (عليه السلام)، وذهب أسيراً مع أسرى اهل البيت الى يزيد.
ظهر المنجم الكبير الذي حمل مصالح الامة المثقلة بالضرائب والخراج وظلامات احداث سياسية، وأصبحت مهمة هذا المنجم هو استخراج المؤثر الازكى، الذي لابد ان يؤثر على الحياة الاجتماعية والفكرية لذلك العصر، وهذا المنجم هو اول مولود التقت به عناصر السبطين الكريمين الحسن والحسين (عليهما السلام)، فالأب هو السجاد زين العادين (عليه السلام) علماً، وتقى الام فاطمة بنت الامام الحسن (عليه السلام) سماه جده المصطفى (ص) بمحمد على اسمه، وكناه (الباقر) قبل ان يولد بعشرات السنين. نبوءة الغيب حملت البشر، يكنى (ابو جعفر) ولقبه جده (ص) بالأمين والشاكر والهادي والشبيه؛ لكونه يشبه جده الرسول، والصابر، له هيبة الانبياء ووقارهم، وملامح نورانية تميز الائمة (عليهم السلام).
مدة امامته (19) عاما، عاصر خلالها الوليد بن عبد الملك، هشام بن عبد الملك، اقام طيلة عمره في يثرب دار الهجرة، واتخذ المسجد النبوي مدرسة، فكان له الأثر الكبير في بلورة الأمور العلمية.